La DIAN exige a Ecopetrol un pago de al menos 1,3 billones de pesos por el IVA al importar diésel y gasolina, mientras la empresa interpuso una tutela para frenar un embargo inminente que, según sus cálculos, amenazaría con detener la operación de su refinería de Cartagena en menos de dos semanas.
La DIAN emitió un nuevo criterio enviado en diciembre de 2024, según el cual la importación de gasolina y diésel por parte de Ecopetrol debe estar gravada con un IVA del 19 % en lugar del 5 % que se venía aplicando. 
La aplicación de este nuevo criterio es retroactiva, abarcando los años 2022, 2023 y 2024, y es lo que ha generado la aparente deuda tributaria por 1,3 a 1,5 billones de pesos. 
La refinería de Cartagena, bajo la empresa Reficar filial de Ecopetrol, opera dentro de un régimen de zona franca, lo que implica que sus importaciones de combustibles tienen una consideración particular. La DIAN sostiene que, al considerarse importación, debe aplicarse el IVA del 19 % sobre la base gravable general. 
De no efectuarse el pago, la DIAN podría iniciar un proceso de cobro coactivo que incluye el embargo de cuentas bancarias de Reficar, lo que según fuentes internas pondría en riesgo el suministro de combustibles en la Costa Caribe en un plazo estimado de entre 7 y 18 días de operación restante. 
Ecopetrol ha alegado que no está de acuerdo con el cambio de criterio y sostiene que no debe ese monto o que al menos la forma de exigirlo no es la adecuada. 
La refinería presentó una acción de tutela ante un juzgado administrativo en Cartagena para frenar el embargo, alegando vulneración del debido proceso y que la medida podría afectar derechos fundamentales, incluyendo empleo e infraestructura energética crítica. 
Por su parte, sindicatos y asociaciones empresariales advirtieron sobre el impacto que tendría la paralización de Reficar: miles de empleos en riesgo, interrupción en el abastecimiento de combustibles y efectos negativos para la economía nacional. 
• Si la DIAN procede con el embargo, Reficar podría tener que suspender operaciones en cuestión de días, lo que afectaría tanto al surtido local de diésel y gasolina como al flujo de caja de Ecopetrol. 
• Para el Gobierno nacional, un impacto negativo en Ecopetrol tendría repercusiones en ingresos fiscales, estabilidad energética y credibilidad empresarial.
• En el ámbito jurídico, la controversia abre debate sobre la retroactividad de los impuestos, la competencia tributaria y el régimen de zonas francas para el sector energético.
